El aula de pensamiento organiza ciclos de conferencias anuales de pensamiento español y de los grandes temas de la filosofía en los que participan profesores y especialistas de diversas universidades, y otras actividades como coloquios, mesas redondas, etcétera. Dentro de los ciclos de pensamiento español se han abordado los siguientes temas: “¿Existe una filosofía española?”,” Raíces y valores históricos del pensamiento español”, “Aportaciones de filósofos españoles contemporáneos”, “Diversas claves del pensamiento español contemporáneo”, “Filosofía y poesía”, “La filosofía de los poetas”, “Metafísica en pensadores españoles actuales”, e “Historiografía filosófica en España”; además de seminarios monográficos dedicados a Séneca y García Morente, un trienio dedicado al pensamiento medieval: filosofía árabe, judía y cristiana en España, y el ciclo José Rizal desde el 98. Dentro de los ciclos dedicado a los grandes temas de la filosofía se han tratado los de “Filosofía y educación”, “Filosofía y ética”,y “Filosofía y mística”.